Początki produkcji sera są ściśle związane z udomowieniem i hodowlą zwierząt.

W Iranie 8 tys. lat p.n.e. udomowiono pierwsze owce i kozy, około 5900 lat p.n.e. w Anatolii i Macedonii bydło, a 3 tys. p.n.e. – bawoły. Około roku 6000 p.n.e. na Półwyspie Apenińskim, na południu Francji i w Afryce Północnej rozpoczęto hodowlę owiec i kóz. Około 4 tys. lat p.n.e. mieszkańcy Bałkanów z doliny Tuna jako pierwsi sprowadzili bydło. Na podstawie badań archeologicznych ustalono, że najstarszy ser na świecie przypominający mozzarellę produkowano już 7500 lat temu w neolicie na Kujawach znajdujących się na terenie Polski^[7][8]. We Włoszech i Francji już 2000 lat p.n.e. wyrabiano ser.

Pierwszym dokumentem szczegółowo przedstawiającym kolejne fazy produkcji sera jest płaskorzeźba sumeryjska nazwana ozdobą mleczarni (około 3000 p.n.e.). W Babilonii ser był znany, ale należał do artykułów luksusowych.

Pasterze, którzy wlewali mleko do bukłaków sporządzonych z żołądków owiec, zauważyli, że dzieliło się ono na skrzep i serwatkę. Z czasem nauczono się odcedzać skrzep, suszyć go i solić, aby był dłużej zakonserwowany. Do dziś w krajach arabskich wyrabia się tą starą metodą kishk. Homer wspomina o serach produkowanych na Krecie. W Starym Testamencie (2 Księga Samuela 17,27-29) można przeczytać:

Kiedy Dawid przybył do Machanaim, Szobi, syn Nachasza z ammonickiego Rabba, Makir, syn Ammiela z Lo-Debar, i Barzillaj, Gileadczyk z Rogelim, dostarczyli łóżek, okryć pościelowych, naczyń, garnków glinianych, pszenicy, jęczmienia, mąki, ziarna prażonego, fasoli, soczewicy, miodu, masła, sera owczego i krowiego. Dostarczyli tego Dawidowi i jego otoczeniu, aby się posilili. Mówili bowiem: Lud na pustyni jest głodny, zmęczony i spragniony.

W starożytnym Rzymie udoskonalono umiejętność wytwarzania serów, przejętą od Greków. Mleko owcze i kozie pozostawiano, aby skwasiło się samo, czasami przyspieszano ten proces mieszając mleko gałązkami z drzewa figowego, dolewając sok figowy lub wrzucając nasiona dzikiego ostu. Ścinanie mleka podpuszczką było znane Etruskom, i to od nich Rzymianie nauczyli się tej metody.

Bardzo dużą popularnością sery cieszyły się w Cesarstwie Bizantyjskim. Był to podstawowy dodatek do pieczywa, obecny na stołach ludności wszystkich stanów. Źródła historyczne poświadczają nawet, że ser pełnił we wczesnym Cesarstwie Bizantyjskim rolę podarunku wręczanego przyjaciołom^{[potrzebny przypis]}.

Z czasem technologie serowarskie udoskonalono. Większość najstarszych znanych nam serów zaczęto wytwarzać około XIV w., w dużej mierze ich produkcją zajmowali się mnisi. Zasady wyrobu sera cheddar zostały opracowane w XIX wieku. Wpłynęły one znacznie na metody produkcji większości serów. Pierwsza produkcja przemysłowa sera ruszyła 3 lutego 1815 w Szwajcarii. Do Polski serowarstwo z owczego mleka dotarło zza Karpat, z terenów Wołoszczyzny. W XIX w. nowe receptury na produkcję serów żółtych przywieźli imigranci z Niemiec, Holandii i Szwajcarii. Zobacz też: sernik (pomieszczenie).